Fondato nel 1990 da Masaaki Suzuki, che ne è tuttora il direttore musicale, nasce con l'ntento di introdurre il pubblico giapponese alle esecuzioni delle grandi opere del periodo barocco. Si dedica in particolare a Johann Sebastian Bach e ai compositori della musica protestante tedesca della sua sfera musicale, quali Dietrich Buxtehude, Heinrich Schütz, Johann Schein e Georg Böhm. Il Bach Collegium Japan è composto da un'orchestra barocca e da un coro. Il repertorio comprende capolavori di grande peso quali la Passione secondo Matteo di Johann Sebastian Bach, il Messiah di Haendel, i Vespri della Beata Vergine di Monteverdi, ma anche opere di più rara esecuzione per solisti e piccoli gruppi da camera. Il Bach Collegium Japan ha sede a Tokyo e Kobe, ma si esibisce in tutto il Giappone. Recentemente, in occasione del 250º anniversario della morte di J.S. Bach, l'Orchestra è stata ripetutamente ospite di istituzioni musicali internazionali. Il Bach Collegium Japan è sostenuto da Arts Plan 21 e da The Kao Foundation for Arts and Sciences. È stato ospite delle Settimane Bach nel 2001 (16° ciclo) e nel 2006.