Nato a Kobe in Giappone nel 1954, Masaaki Suzuki ha iniziato a suonare l'organo a dodici anni in chiesa, durante le celebrazioni liturgiche domenicali. Dopo il diploma in composizione e organo, conseguito all'Accademia delle Belle Arti di Tokyo, ha proseguito gli studi di organo e clavicembalo presso il Conservatorio Sweelinck di Amsterdam sotto la guida di Ton Koopman e Piet Kee. Dal 1981 al 1983 è stato docente di clavicembalo alla Staatliche Hochschule für Musik di Duisburg in Germania. In qualità di organista ha tenuto concerti in Francia, Italia, Germania, Olanda, Svizzera, Austria. Al suo rientro in Giappone ha intrapreso un'intensa attività concertistica dando vita ad una serie di concerti nella Cappella dell'Università Femminile Shoin, a Kobe, che ospita un importante organo francese classico costruito da Marc Garnier. Per molti anni ha insegnato alla Tokyo National University of Fine Arts and Music, dove ha fondato e guidato il dipartimento di musica antica.
Nel 1990 ha fondato il Bach Collegium Japan, complesso barocco su strumenti d'epoca, affiancato da un coro. Con questi ensemble si è esibito nelle più importanti sale da concerto e festival in Europa e negli Stati Uniti. In qualità di direttore collabora regolarmente con solisti e gruppi musicali europei di primo piano. Nel 2009 è stato nominato Visiting Professor di direzione corale presso la Yale University, nonché direttore dello Yale Schola Cantorum. Nel 2010 è stato insignito della Croce al merito dell’Ordine al merito della Repubblica federale tedesca.
L’ampia discografia per l’etichetta BIS comprende l’integrale delle composizioni per clavicembalo di J.S. Bach. Con il Bach Collegium Japan è in corso la registrazione dell’integrale della musica vocale bachiana unanimemente apprezzata ed elogiata dalla critica.
È stato ospite delle Settimane Bach nel 2001 (16° ciclo) e nel 2006.
